Świat Yami usiany jest różnorodnymi Klanami, które różnią się od siebie między innymi swoimi umiejętnościami. Każdy ninja odkrywa swój Klan już na poziomie Gennina, kiedy to przechodzi fazę testów, a ze zdobytej liczby punktów może wybrać sobie Klan z danej kategorii.
Poniżej znajduje się dokładna tego rozpiska:

Zwykłe:

- Klan Nara
- Klan Akimichi
- Klan Yamanaka
- Klan Inuzuka

Zaawansowane:

- Klan Aburame
- Klan Senjuu
- Klan Yuki
- Klan Kaguya
- Klan Houzuki

Specjalne:

- Klan Uchiha
- Klan Hyuuga
- Klan Douhito
- Klan Rikudou